大多數情況下液相色譜儀壓力偏高是由色譜柱引起的，為排除此原因，應先將色譜柱甩開，將色譜柱入口處管路卸開接一空燒杯，以1ml/min流速送液，此時壓力應在0.5MP以下，若此時壓力較大，應作進一步判斷。拆掉管道過濾器（位置在排液閥上方）上方與手動進樣閥的連接管路，用扳手將管道過濾片拆下，送液確認此時的壓力，若壓力明顯下降，說明管道過濾片堵塞，放入燒杯加入異丙醇進行超聲清洗即可；若壓力仍然偏高，說明仍有堵塞的地方，可能位置為單向閥或吸濾頭，可先將吸濾頭取下，將送液管直接插入流動相中送液，觀察壓力變化以排除吸濾頭是否堵塞，若不是，則應對入口單向閥和出口單向閥進行清洗，燒杯中倒入異丙醇，將單向閥垂直放入（若橫向放置有可能將單向閥內部部件超散）進行超聲清洗，若用戶經常使用緩沖鹽，用60-70度的熱水進行超聲清洗效果更佳。

　　若用戶配有梯度系統，那么連接兩臺送液泵的混合器也是一個容易堵塞的地方，將混合器拆開，在個頭較大的六方形金屬件后方有一個頭較小的類似螺帽的東西，拆開后可以看到一個很小的過濾篩板，對此部件進行超聲清洗即可。還有一較簡單的沖洗辦法，將柱子入口段拆開接一空燒杯，以5%-10%的稀硝酸作流動相，以1ml/min流速送液沖洗，觀察壓力變化直至下降為正常數值，然后用純甲醇將管路中的稀硝酸*置換干凈即可。這時，如果液相色譜儀柱壓仍不下降，只有換柱子入口篩板，但一旦操作不甚，很容易造成柱效下降，所以盡量少用。